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La idea medieval de los hospitales catedralicios, fue puesta en práctica por el obispo fray Julián Garcés, al edificar en "un solar junto al monasterio de Santo Domingo", el "Hospital de San Pedro y San Pablo de la Catedral", conocido más tarde como el Real Hospital de San Pedro. Era sostenido por la catedral, destinando para ello el noveno y medio de los diezmos, bajo la vigilancia del cabildo eclesiástico. El año de 1556, se trasladó al sitio actual y la construcción de su edificio primitivo se inició el año de 1564, bajo la dirección del albañil Francisco Doro y al año siguiente, empezó a prestar servicio, ya que en abril de 1565, fue designado como médico del Hospital el licenciado Parera, con salario de 100 pesos al año y posteriormente el licenciado Martel, el doctor Juan Daza y el " hospitalero" Pedro de Arnalte. Su crecimiento se hizo palpable durante el siglo XVII, en que se construye su gran edificio. Su organización era compleja y en él se fundieron otras instituciones hospitalarias de menor importancia, no sólo en el campo de la salud pública, sino en el de la enseñanza de la medicina.
Durante la Colonia la enseñanza de la medicina, en su forma estrictamente universitaria, no llegó nunca a establecerse, debido al centralismo absorbente de la capital del Virreinato. Las prácticas realizadas por los aspirantes a médicos y cirujanos se realizaban en los hospitales de la ciudad, particularmente en el de San Pedro, donde llegó a proyectarse a finales del siglo XVIII, un anfiteatro anatómico para los jóvenes que servían en él, siendo reconocidos estos estudios prácticos por la Universidad de México y el Real Protomedicato.
Transcurrieron casi dos siglos en que se carece de un ambiente adecuado para el progreso científico. El dogmatismo escolástico y las trabas inquisitoriales detienen cualquier intento de renovación. En pequeños círculos intelectuales dentro de los colegios jesuitas y palafoxianos llegan algunas ideas, venidas de Europa, pero sólo como verdaderas curiosidades de eruditos; sus grandes bibliotecas conservan testimonios de esta tímida curiosidad que no llega a trascender de sus recintos. Textos de Paré, Vesalio, Boherhaave, Willis, Harvey, Sylvio, Morgagni, Malpighi, Spallanzani y Brown, entre otros, fueron utilizados por estas instituciones pero sin llegar a ejercer influencia sobre las ideas científicas de la época, apegadas a las doctrinas tradicionales.
Las actividades científicas son casi nulas; en 1645, el doctor Bartolomé Parejo de Alazar, sostuvo públicamente un acto académico, acerca de las virtudes del agua como alexifármaco (sinónimo de antídoto), publicado después, y que constituye el primer texto de medicina impreso en Puebla. A instancias del obispo Santa Cruz, el bachiller Gaspar Tamayo, escribió en 1691, un estudio acerca del "daño que trae a los naturales la raíz que añaden al pulque para fortalecerlo"; probablemente de la misma época es el informe del doctor Manuel Serrano Suárez de Peredo, sobre "poder ejercitar la Medicina jus regulas artis."
Es verdaderamente notable, que en esta época (1693), el cabildo de la ciudad a petición del regidor Alonso Ignacio de Aguayo, haya autorizado las primeras disecciones públicas para indagar las causas de la epidemia que asolaba la ciudad, ordenando al bachiller Juan Ortiz de Rivera, visitador de boticas y al bachiller Juan López de Carvajal, maestro de Cirugía y maestro de Anatomía de la ciudad, realizaran las demostraciones.
Otros acontecimientos que influyen para cambiar el panorama científico de la colonia, son: la real expedición de la vacuna, que en 1804 llega a Puebla, encabezada por el doctor Francisco Javier Balmis, lo que despierta el interés y el entusiasmo por la aplicación de medidas sanitarias más eficaces para detener las temibles epidemias de viruela; y en ese mismo año se establece la "Real Junta Central Filantrópica General de Vacunación Pública de San Carlos de la Ciudad de Puebla", y bajo sus auspicios se realizan varias publicaciones acerca del uso de la vacuna.
La independencia indica un cambio notable en el ejercicio y enseñanza de la Medicina. La libertad de pensamientos y la influencia de la medicina francesa contribuyeron a romper las trabas impuestas por el centralismo de la colonia. Después de la entrada de Agustín de Iturbide en la ciudad en 1823, el presidente de la Junta de Sanidad y el delegado local del Protomedicato, solicitaron su autorización para la instalación de "Cátedras de Medicina", proyectadas desde 1814, pero sin lograr resultados sus gestiones. Si estos intentos fracasaron, fue por causas particularmente económicas.
El 6 de Junio de 1831 se publicó, la ley relativa a "el arreglo del ejercicio y estudio de la medicina" señalando el Congreso del Estado, que cualquier rama de la Medicina no podría ser ejercida sin autorización expresa del Gobierno, y esta autorización sólo se podía dar a los que fuesen examinados y aprobados, acreditando sus estudios ante la Dirección de Sanidad; los que no estuviesen aprobados deberían presentar examen, excepto los que tuviesen l5 años de ejercicio. Para que esta ley pudiese aplicarse, habrían por primera vez en la ciudad de Puebla, cátedras para la enseñanza de la Medicina; estas serían: de Anatomía General y Descriptiva, de Operaciones y Partos, de Fisiología y de Higiene, de Materia Médica y Medicina legal, de Clínica Médica y Patología Interna, de Clínica Quirúrgica y de Patología Externa y de Botánica. Dotándose la primera con 600 pesos anuales, con 500 la segunda y las restantes con 400.
La duración de los cursos quedó señalada en cinco años, y la admisión a ellos, exigía estudios previos de Gramática Latina, Lógica y Física, además de algunas nociones del idioma Francés; los exámenes finales serían ante los cinco miembros de la Dirección de Sanidad, sobre teoría en la primera tarde y sobre la práctica en la segunda. Las dos primeras cátedras, así como las Clínicas y Patologías, se impartirían en el Hospital de San Pedro, y las restantes en el Colegio del Estado; teniendo la obligación los profesores de presentar ante la Dirección de Sanidad, dos meses antes de iniciar sus clases, sus programas y textos.
En 1854 la Escuela es clausurada y restablecida al año siguiente y por decreto del gobernador Francisco Ibarra, se mantiene vigente el reglamento de 1842. La nueva reglamentación llega el 8 de abril de 1856, en la que se establece que la enseñanza debería de impartirse durante siete años, durante los cuales se cursarían once materias; las lecciones teóricas se impartirían en el Colegio del Estado y las prácticas en el Hospital del San Pedro y los alumnos que quisieran ingresar deberían acreditar estudios de Filosofía y Francés.
A partir de este decreto, la institución recibiría el nombre de Colegio de Medicina y estaría regida por una junta directiva, encabezada por el Director, dos profesores de medicina y dos de farmacia. El sello de la directiva era, el busto de Hipócrates, sobre una columna, coronado por la Naturaleza.
Las guerras de Reforma y la intervención francesa, paralizaron las actividades docentes, cerrando temporalmente sus aulas durante los sitios que padeció la ciudad. Con el triunfo de la República Liberal, se inicia una nueva etapa y es designado como director de la institución el profesor Joaquín Ibáñez. Ocupaba la institución por entonces, dos habitaciones en el Hospital de San Pedro, una oficina y un aula; y por acuerdo con el gobernador se trasladó al antiguo colegio de San Ignacio, que había pertenecido a los jesuitas. Se elaboró un reglamento y se estableció por vez primera el pago de tres pesos por hora-clase. Para 1875 se contaba ya con 24 alumnos de medicina y uno para farmacéutico, con 8 catedráticos; dos años después funcionó de manera independiente el Colegio de Farmacéuticos.
Por decreto del 19 de mayo de 1879, se ocupó el que había sido Colegio de San Juan, con excepción de la Biblioteca Palafoxiana. En 1891, queda formalmente incorporada al Colegio del Estado. En 1917, cierra sus puertas el antiguo Hospital de San Pedro y las clases prácticas se trasladan al nuevo Hospital Civil. En 1937 el Colegio del Estado cambia su denominación por Universidad de Puebla.
Los cambios en la estructura interna de la Universidad, permitieron esbozar algunas reformas importantes en la enseñanza; el establecimiento de departamentos para las materias básicas, base para maestros de carrera, laboratorios de investigación, inicio del servicio social e internado rotatorio, así como la selección de los alumnos de nuevo ingreso, fueron algunos de los aspectos más positivos que culminaron con la inauguración del nuevo edificio de la Escuela de Medicina en 1965.
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